perl来检查序列是否包含至少3个独特的碱基，如果不删除 - 行业资讯

我有一个fasta文件。我需要删除含有“N”或不含至少3个独特碱基的序列。目前为止的代码如下。另外，我将如何删除序列ID行，以便删除序列。perl来检查序列是否包含至少3个独特的碱基，如果不删除

#!/usr/bin/perl 
use strict; 
use warnings; 

open FILE, '<', $ARGV[0] or die qq{Failed to open "$ARGV[1]" for input: $!\n}; 
open match_fh, ">$ARGV[0]_trimmed.fasta" 
    or die qq{Failed to open for output: $!\n}; 

while (my $line = <FILE>) { 
    chomp($line); 

    if ($line =~ m/^>/) { 
     print match_fh "$line\n"; 

     my @data = http://cn.voidcc.com/question/split(/|/, $line); 

     my $nextline = ; 

     if ($nextline !~ /N+/g) { 

      if ($nextline =~ /[ATGC]{3}/g) { 

      } 
      print match_fh"$nextline"; 
     } 
    } 
} 

close FILE; 
close match_fh; 



INPUT 
>seq1 
ATGCGGGATGATCCGAACGTTTAATCTCGTATGCCGTCTTCTATCTCNNN 
>seq2 
GATGAGCTTGACTCTAGTCCATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTATCTCGTA 
>seq3 
TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTC 
>seq4 
TGGTACTGTAAGCATGAGAGTAATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAA 

OUTPUT 
>seq2 
GATGAGCTTGACTCTAGTCCATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTATCTCGTA 
>seq4 
TGGTACTGTAAGCATGAGAGTAATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAA

cara

什么是你的代码错误？它是否提供错误或不正确的结果？如果是，哪个？ –

它不会删除不少于3个唯一字符的行。 –

你能提供一个简短的样本输入文件和预期的输出文件吗？ –

回答

while(my $head = <FILE>) { 
    next if($head !~ /^>/); 
    $_=<FILE>; 
    if(!/N+/ && /A/+/T/+/G/+/C/ >= 3) { 
    print match_fh $head, $_; 
    } 
}

Mike