bcftools的安装教程

本篇内容介绍了“bcftools的安装教程”的有关知识,在实际案例的操作过程中,不少人都会遇到这样的困境,接下来就让小编带领大家学习一下如何处理这些情况吧!希望大家仔细阅读,能够学有所成!

bcftools是samtools的开发者提供的一款专门操作VCF文件的工具,它可以处理VCF格式,也可以处理VCF对应的二进制文件。

github的地址如下

https://github.com/samtools/bcftools

安装过程如下

 wget  https://github.com/samtools/bcftools/releases/download/1.8/bcftools-1.8.tar.bz2
　　tar  xjvf  bcftools-1.8.tar.bz2
　　bcftools cd  1.8/./configure
　　使

解压缩之后,编译即可。

和samtools, bcftools由很多的子命令构成,所有的子命令可以分成以下3大类别

1。分析基因组变异

bcftools也可以分析SNP, CNV等基因组变异,涉及到的子命令如下

<李>

调用

<李>

共识<李>

CNV

<李>

csq

<李>

过滤<李>

gtcheck

<李>

mpileup

<李>卢武铉

<李>

统计

2。,操作VCF文件

包括对VCF文件进行格式转换,过滤,排的序,取交集等功能,涉及到的子命令如下

<李>

注释

<李>

concat

<李>

转换<李>

isec合并<李>

<李>

规范

<李>

插件查询<李>

<李>

reheader

<李>

排序<李>视图

3。对VCF/供应量建立索引

对应的子命令为<代码>指数

bcftools是C语言开发的,所以处理速度非常快,可以看做是VCFtools的升级版本。

bcftools在处理文件时,还可以识别bgzip压缩之后的VCF文件。在后续文章中,会对bcftools的用法进行详细介绍。

bcftools的安装教程