如何理解基因组组装软件黑桃

这期内容当中小编将会给大家带来有关如何理解基因组组装软件黑桃、文章内容丰富且以专业的角度为大家分析和叙述,阅读完这篇文章希望大家可以有所收获。

黑桃这款新创基因组组装软件,适用于细菌/真菌等小型基因组的组装,不推荐用于动植物基因组的组装。该软件主要用于illumina公司IonTorrent读取的组装,也可以进行PacBio,牛津纳米孔,桑格读取的组装。

官网如下

http://cab.spbu.ru/software/spades/

黑桃是一套软件,类似办公室办公软件系列,包含了以下5个可执行文件

<李>

metaSPAdes

<李>

plasmidSPAdes

<李>

rnaSPAdes

<李>

truSPAdes

<李>

disSPAdes

metaSPAdes用于宏基因组数据的组装,plasmidSPAdes用于组装叶绿体/线粒体基因组,rnaSPAdes用于RNA-seq数据的组装,truSPAdes用于treseq条形码序列的组装,disSPAdes用于组装高杂合度的二倍体基因组。

软件的安装过程如下

 wget  http://cab.spbu.ru/files/release3.12.0/SPAdes-3.12.0-Linux.tar.gz
　　tar  xzvf  SPAdes-3.12.0-Linux.tar.gz
　　cd  SPAdes-3.12.0-Linux 

直接从官网下载二进制包,解压缩就可以了。在本目录下,有很多的可执行文件

。/├──dipspades.py
　　├──,metaspades.py →spades.py
　　├──,plasmidspades.py →spades.py
　　├──,rnaspades.py →spades.py
　　├──spades-bwa
　　├──spades-core
　　├──spades-corrector-core
　　├──spades-dipspades-core
　　├──spades-gbuilder
　　├──spades-gmapper
　　├──spades-hammer
　　├──spades_init.py
　　├──spades_init.pyc
　　├──spades-ionhammer
　　├──spades-kmercount
　　├──spades.py
　　├──spades-truseq-scfcorrection
　　└──,truspades.py 

其中黑桃。py就是主要的提交脚本,该软件支持多种测序类型

<李>

单端数据
用<代码> - s1> - s1 ,<代码> - s2

<李>

双端数据
用<代码>——pe1-1 和<代码>——pe1-2> ——pe2-1 ,<代码>——pe2-2

基本用法如下:

 spades.py  -k  21日,33岁,55岁,77年,99127年,——careful ,——pe1-1  R1.fastq ,——pe-2  R2.fastq , -o  spades_output 

输出结果目录会生成许多文件,其中<代码> scaffolds.fasta> 重叠群。fasta>

上述就是小编为大家分享的如何理解基因组组装软件黑桃了,如果刚好有类似的疑惑,不妨参照上述分析进行理解。如果想知道更多相关知识,欢迎关注行业资讯频道。

如何理解基因组组装软件黑桃