R语言画韦恩图的示例分析

  

R语言画韦恩图的示例分析,很多新手对此不是很清楚,为了帮助大家解决这个难题,下面小编将为大家详细讲解,有这方面需求的人可以来学习下,希望你能有所收获。

<节>

韦恩图是用来展示不同组数据间交集和差异的一种可视化方法。比如我们有三组数据,分别是A, B, C.A里的数据是1、2、3. B里的数据是2、3、4.度里的数据是3、4、5日。那么AB有两个交集,公元前有两个交集,交流有1个交集,美国广播公司(ABC)之间有1个交集。那么用韦恩图展示就是下面的效果

<图数据工具=癿dnice编辑器”>  R语言画韦恩图的示例分析”>
  <figcaption>图像。png </figcaption> </图> <p> R语言里画韦恩图的包我目前知道的有五个,分别是</p> <ul data工具=癿dnice编辑器”类= <李> <节>文氏图 <李> <节> ggvenn <李> <节> ggVennDiagram <李> <节> yyplot   ,,<代码> ggvenn() 函数 <李> <节> ChIPseeker   ,,<代码> vennplot() 函数

yyplot画韦恩图可以参考https://guangchuangyu.github.io/cn/2018/04/ggvenn/ 

这个画出来的韦恩图每个圈好像是按实际数据多少的比例来画的。 R语言画韦恩图的示例分析

而其他几个韦恩图画出的圈的大小都是一样的。

ChIPseeker画韦恩图可以参考https://mp.weixin.qq.com/s/MqpfgkMJSFj0pYwcEjV9kQ?

代码

 <代码> x1 & lt; -列表(=样本(基因,300),B=样本(基因,525),C=示例(基因,440))
BiocManager::安装(“ChIPseeker")
图书馆(ChIPseeker)
帮助(包=癈hIPseeker")
install.packages (“Vennerable"回购=癶ttp://R-Forge.R-project.org")
ChIPseeker:: vennplot (x1,=& # 39; Vennerable& # 39;)
  图数据工具,<=" mdnice编辑器”>  R语言画韦恩图的示例分析”>
  <figcaption>图像。png </figcaption> </图> <p>今天先介绍一下使用<代码> ggvenn </代码>这个包来画韦恩图的简单小例子。<代码> ggvenn> </代码画韦恩图接受2 - 4组数据,输入数据可以整理成数据框或者列表格式。我个人感觉列表格式还是相对比较好用的。</p> <p>比如先模拟生成数据</p> <pre> <代码> & lt;基因——粘贴(“gene" 1:1000, 9=啊? <br/> set.seed (20190708) <br/> x & lt; -列表(=样本(基因,300),B=样本(基因,525),C=样本(基因,440),D=示例(基因,350))<br/> </代码> </pre>
  ,<p>这个模拟生成数据的代码来自<代码> ggVennDiagram </代码>这个包的github主页https://github.com/gaospecial/ggVennDiagram </p> <p>画图</p> <pre> <代码>图书馆(ggvenn) <br/> ggvenn (x, c (“A   图数据工具,<=" mdnice编辑器”>  R语言画韦恩图的示例分析”>
  <figcaption>图像。png </figcaption> </图> <p>还有很多参数可以设置来修改画图的细节,比如填充颜色,颜色的透明度、线条的颜色,线条的透明度等等。具体参数可以查看帮助文档。</p> <图数据工具=癿dnice编辑器”> <img src=R语言画韦恩图的示例分析