介绍
本篇内容主要讲解”如何使用WashU表观基因组浏览器可视化高c数据”,感兴趣的朋友不妨来看看。本文介绍的方法操作简单快捷,实用性强。下面就让小编来带大家学习”如何使用WashU表观基因组浏览器可视化高c数据”吧!
Washu表观基因组浏览器是一款基因组浏览器,相比UCSC等基因组浏览器,其不仅能够展示RNA_seq, chip_seq等二维信息,还可以展示高c等三维基因组学数据分析结果,网址如下
http://epigenomegateway.wustl.edu/browser/
该浏览器的功能特别强大,本文只是介绍下如何通过这个浏览器来展示高c数据,步骤如下
1。选择参考物种和版本
内置了人,小鼠,大鼠等常用物种,在展示信息之前,首先需要选择对应的参考物种和基因组版本,如下图所示
2。,添加展示的信息
选择好参考物种之后,下一步就是添加需要展示的信息,每个信息称之为<代码> 。通过导航栏的<代码>追踪代码> 公共数据中心选择公共数据集,如下图所示,点击右边的加号选择感兴趣的数据集
在下方提供了数据集的视图,通过加号展开对应的数据集,然后点击右侧的化验区域可以进一步选择数据集
这里我们选择<代码> IM90 细胞系相关数据,示意如下
可以多选,这里我选择了嗝和多种组蛋白修饰和CTCF的chip_seq以及RNA_seq的数据即兴展示。
3。,调整显示方式
默认情况下跟踪的顺序是按照导入的依次顺序进行排列,通过下图红色方框标记的工具集可以调整追踪的排列顺序
其次鼠标右键点击对应的轨道,可以对其颜色,y轴范围等进行详细调整,如下图所示
简单调整了每种跟踪的颜色,效果图如下所示
到此,相信大家对“如何使用WashU表观基因组浏览器可视化高c数据”有了更深的了解,不妨来实际操作一番吧!这里是网站,更多相关内容可以进入相关频道进行查询,关注我们,继续学习!
如何使用WashU表观基因组浏览器可视化高c数据
